მეგატვინი ყველაზე გენიალური და ყველაზე უიღბლო ბოროტმოქმედია მსოფლიოში. მრავალი წელია იგი ცდილობს დაიბყროს მეტრო-სითი, მაგრამ მას ამაში ხელს სუპერგმირი მეტრო-მენი უშლის. ბოროტმოქმედი კლავს სუპერგმირს და ამით იგი ცხოვრების მიზანს კარგავს. ბოროტმოქმედი დარჩა სუპერგმირის გარეშე.
'მადაგასკარის პინგვინების' სიუჟეტი აიგება თვითაღიარებულებული კომანდოსელების კოვალსკი, შკიპერის, რიკოს და რიგითის ირგვლივ, რომლებიც ასრულებენ ყოველდღიურ საიდუმლო ოპერაციებს ნიუ–იორკის ზოოპარკის ტერიტორიაზე.
ცხოველები, რომლებმაც მთელი ცხოვრება გაატარეს კომფორტაბელურ ნიუ-იორკის ზოოპარკში, გემის ჩაძირვის შედეგად ეგზოტიკურ კუნძულზე მადაგასკარზე ხვდებიან და გულდაწყვეტით ხვდებიან იმას, რომ ქალაქურ ჩვევებს უნდა სამუდამოდ დაემშვიდობონ...